来者为高岛副总督及乃木第二师团长。盖已愿退辽东，俯就俄、德、法三国约，而台湾仍畀日本，可以壹意攻取矣。六月辛卯（二十二日），日军遂出新竹，分三道，锋锐甚。天未明，电光烁路，炮火震山，左翼为川村中将，右翼为山根少将，中路为能久亲王，一冲傅德星营，一冲杨载云营，一冲吴汤兴营。是时我军锋鋩已钝，漫无约束，使明哨堠，设暗伏，即败犹可成军。而我军不然，敌至，或战或奔。于是杨载云督战中炮死，德星军溃；汤兴不在，军亦溃；陈澄波一营，闻风先窜；徐骧退至义民亭，纠汤兴溃兵凭山再战。敌从西袭其后，乃引一队退入山。台南军管带袁锡清（一作锦清）、林鸿贵战死。吴、李、谭、徐四营军不足数，甫至后壠（在苗栗西北），未敢进，见溃兵亦遂退。吴鹏年退扼大安溪（在苗栗南），余俱退入大甲坡（在大安溪西南），再退牛骂街（大甲南、彰化北）。牛骂街有富室蔡占鳌，领联甲勇四百，惧祸，劝勿屯其地，遂再退汴仔头，旋回彰城。杨载云尸自石屑仑升过南隘归。或曰载云不退，部下殪之也。
是日，敌军入苗栗，别军循海至后壠，不敢遽进。苗栗令李烇潜行大安港西渡。吴汤兴与父及眷属来彰化。而日本水军至大安港鸣炮。大安南距大甲八里，大甲人遣无赖者充耆老，乘桴迎之，水军不敢登，令向陆军。陆军将一为伏见宫、驻新竹，一为北白川宫、进驻苗栗，并日本亲王也。北白川宫称能久亲王，亦先驻守新竹，既得乡导，遂进大甲。
是时知府再告急台南。刘帅覆电令坚守待援。六月戊戍晦（二十九日），敌氛紧迫，城中人心皆动，各军无敢出哨者。而徐骧领二十九人自苗栗阵上循山路至，慨然以二十九人行视城内外，夜宿城外。有问以眷属者，浩然曰：『有天道，台湾不亡，吾眷可得也；台湾亡，遑问家乎』？警夜无忧色。越七月己亥朔，台南军至，人心始定。至者号黑旗队，军不多。越日复至，则台南镇标旧兵也，有旱雷兵二百，而军装炮弹从海道未至。壬寅（初四日），台南军再至，有七星队一百；七星队者，刘帅亲军也。甲辰（初六日），海道三小舟载仗来，而黑旗队已有出守大肚溪者。初，我军自苗栗归，闻台南出援兵，复进驻汴仔头，去城北二十五里。七月辛丑（初三日），日军至牛骂街，我军复退归彰城。及是多与台南军驻城中，或随黑旗军扼大肚溪，去城北十里。
是时日军大至，屯大肚溪北我军惟黑旗队数百，并七星队屯溪南。领七星队王德标，勇毅敢战。有自溪下流由海滨载米欲济日军者，黑旗军阻之不应，七星军则下水牵之。突有敌军二百余列队出，七星军列队击之，敌势锐而南，七星军锐而北，两岸弹子簌簌如雨下，敌迫欲下水，七星军则迫欲登岸。后队黑旗夺其米二筏，余半委于溪。至日暮，两军收队，七星军不失一人。当时城中闻警，知府议分军出援，李惟义等互相诿，迨敌去，遂止。
日军既阻于黑旗军，不能由正道，乃分军涉溪上流，循大肚山由葫芦墩一带过台湾县（即台中），转向南望彰化进。台湾县无我军，而林族多承朝栋意，无敢生事。过五张犁庄，有庄民见其前队，伏枪箐中，击杀数人，后队麕至。庄民走报彰化，发军援之，至半路，以无耗还。
七月丁未（初九日），日将北白川宫知前队已入，遂率全军分三道继之。其由正道者，黑旗将王德标跃出队御之，势猛甚，黑旗七星队从之，日军多死伤，不能前。别军转由溪上下流涉。七星队则望对岸战而北，五人为伍，以背相向，回环发枪，散成数十队，呼声大进，黑旗军左右应。而台南镇标军、屯军来者而〈目咢〉视，有阴去者。王德标身被数创，望敌兵则坚立不退，麾军截击不少挫。而回顾八卦山火起，炮声如雷，探哨报彰化失矣，左右强挟之行。有一队一人殊伤，十一人护之，卧蔗园啖蔗。村人出视，劝埋军装，脱黑甲，可无祸。不顾而啖。再聒之，则叱曰：『我枪在，虽数百倭无如我何也』。妇孺有走譁倭来者，十一人则束弹子袋，擎枪奋起，且出邀之。父老哀阻，而倭亦由他道去。于是招至家享之。越旦。里创引从别径行。是日（初九日），天未明，彰化城闻大炮声，各军竞起，纷纭不知所为，城外军走而入，城中军走而出。武进士许肇清、武生许梦元带鹿港练勇出城，将登八卦山。八卦山驻有台南统领李士炳、汤人贵、沈福山援军。未及登而弹子乱至。山上军有打包奔来者，云统领中炮死矣。于是急奔鹿港。知府亦遂奔鹿港。吴汤兴手一枪，束袴草履，麾义民出御，而所带三十人为行人所挤，不得进，绕出城战死。有传其死于城间义民祠者，则吴鹏年也。吴鹏年自大甲战归，亦守城外山，故或云死于八卦山。有李罗者，斗六田头庄人，应云林募，先一日带五十人至，闻警出，见行人麕走，喝行人列两旁，望敌对仗开枪。而敌众多，敌枪大至，五十人者伤八人，其叔亦伤，始退。而敌人入城，路逢人则杀之，散住民居，不设营帐，有大炮，有马〈缻〉炮，马蹄裹铁，阁阁满街。是日别分三路，一出城西门至鹿港，一出城南门至社头，一路至员林街（均在彰化南）。越日至北斗街。知府黎维嵩由鹿港循海至台南，路被掠。知县罗树励父子潜行乡村，三日至鹿港西渡闽。
先是鹿港所来台南军仗三舟，由两江所济，巨弹、地雷、火线皆备。保甲局遣人起运未半，或入城，或未至城，闻城破，并委于路。日兵知之，即下海，而潮方满，天微雨，乃辇炮望海轰之。三运舟遂乘潮去。
七月壬子（十四日），敌前锋一由北斗过云林属刺桐港，一过云林治斗六街，并至嘉义属大埔林。日军既陷云林，于是分军四出。而嘉义已先有王德标军在。德标自彰化受伤，至斗六，英气不衰，誓吞敌。而台南运饷银六千至。然彰化陷，四处地痞土匪复起，云林尤甚，有欲掠入县署者。德标乃同云林县记室以银寄陈舫、简大肚（应募名成功）、张大猷三人，人各二千，大军至听用。三人者，所部练勇多土匪也。德标入嘉义养创，并发电台南。
台南军再至。统领杨泗洪（或云姓张）、朱乃昌并勇敢，而二军不盈五百人。七月癸丑望，至嘉义北打猫庄，问前敌人数，行人曰：『四百余耳』，实八百多人。二将奋而前，夜至大埔林。大埔林在嘉义北三十里，台南孔道，繁盛地也。敌兵散处民家。二人伏军两旁，引百人呼而入，纵火四处，敌大惊，踉跄奔出，则被我军截击，敌大乱，走至桥，桥为村户薛玉拆，半溺死。而杨、朱二军乘后追击，杀又大半。有日将殿后，泗洪跳而前，欲生擒之，中枪亡。朱亦中枪卧道旁。朱发秃，乡民误为倭。戕之。不及远追。而半途有中埤庄土豪黄荣邦，小名阿丑（应募名黄荣邦），先受刘帅札募勇，及是引众追击，敌愈狂奔。追至他里雾（在斗大街西南），敌入神庙，闭庙门，众围之。阿丑自手大斧，劈门，七人随之，敌枪乱发，阿丑跳而入，敌越墙遯；有走散者，死于路。残卒五十人逃回北斗，衣装军械尽失，身淋漓遍泥涂。于是王德标率军进，收复云林县。各处日军多退，云林地无敌踪。敌军大震，大队不敢行，严防各路。
当是时，苗栗、彰化、台中虽失，而刘帅尚拥有四县、一州（台东州），占台湾之半。而民间讹言，谓刘帅率军出，某日当至某所，某日当克某地。日军无纪律，所在扰民，悍民亦时劫之。
日大将徘徊历匝月，再请本国添援军，自台北而集中路，始克成行。八月壬午（十四日），日军水陆望台南并进。水军分二路：一向台南府，一向凤山县。陆分三路：一自永靖街（即关帝庙，在北斗北）过芎蕉脚庄向斗六，为东路；一自北斗街过西螺街（在斗六西北）向土库（在斗大西南），为西路；一自北斗街过刺桐巷庄向他里雾，为中路。所略皆云林县地也。西路有民团廖三聘扼西螺溪一战，东路有义勇团简成功出斗六街一战，皆不久而退。惟中路义勇团黄阿丑，与台南军黄统领守他里雾，颇有军势。
先一日，敌骑出哨，阿丑料明旦必战，约黄统领同出设伏，统领怯不听。阿丑曾向土库招死士三百未至，则自率二百余人伏北部庄。天甫明，敌军至。阿丑军出要之。枪炮交加，敌遇四军围之，阿丑坚阵不动。而敌前军已入他里雾，黄统领之军被冲溃，敌大纵火。二百人或去，或挟阿丑俱去。阿丑则脱军衣，潜入他里雾，独伏街亭观敌。迨火及街亭，乃跳而免。而土库三百人者，行遇西路日军，发枪击之。敌大至，退入神庙中，或守于门，或伏墙头，或隐鸱尾，击敌辄中。至晚，成队啸呼出，敌不追。敌之过他里雾者，遇王德标前军，各收队。
初，德标自彰化受伤，至嘉义养创，所部黑旗军参加云林军战胜后，多回台南。及是，闻前敌急，领新军出。而简成功子简精华（本名婴，亦作英）自斗六至，林义成、黄荣邦亦率义勇来。越日再战。日军三路齐攻，战士十倍，大炮机关枪并发，马步齐驱，锐不可当。黄荣邦等多受伤，都司萧三发等战死，火及大埔林。大埔林为前月覆敌地，敌尤恨之。火大起，德标军不支，于是云林再陷，兵及嘉义。是役也，日军山根少将亦罹重伤，旋殁，兵士死伤者舁回彰化。