同治四年（乙丑、一八六五）春正月十五日（辛亥），谕议政王军机大臣等：
曾元福奏（巨逆洪欉被炮震毙，全台肃清）一摺，洪欉稔恶倡乱历有年所，现既被炮震毙，则其余漏网之徒不难歼灭净尽；着曾元福、丁曰健督饬在事员弁实力搜捕，务绝根株，毋留余孽。台湾地方虽经肃清，而漳州一带贼氛尚炽，难保不勾结台属匪类乘机煽惑。曾元福现已将抢斗各犯拿获惩办，以定人心；仍着会同丁曰健实力巡查，妥筹防范，毋令漳郡逆匪偷渡勾结。左宗棠、徐宗干务当督饬将弁兵勇迅将漳、龙等处踞逆迅速扫荡，俾免日久蔓延。台湾善後事宜，并着督率曾元福、丁曰健次第筹办；务令事事悉合机宜，以期一劳永逸。将此由五百里谕知左宗棠、徐宗干，并传谕曾元福、丁曰健知之。
署福建台湾镇总兵官曾元福奏：舟师出洋巡缉，歼捦盗匪多名。得旨：着仍饬派出之游绍芳等统带师船认真巡缉，务期搜捕净尽，毋令漳、台逸匪偷窜。
以福建台湾府境肃清，予知县白鸾卿以同知直隶州知州用，与都司傅廷玉等均赏花翎，从九品李守谐蓝翎；余加衔、升叙有差。
二月十四日（庚辰），补铸福建台湾镇总兵官印信；从总兵官曾元福请也——
见（大清穆宗毅皇帝实录）卷一百三十。
二十三日（己丑），以记名按察使王德榜为福建按察使。
二十九日（乙未），谕〔议政王军机大臣等〕：丁曰健奏（官军剿灭全股踞逆，并搜捕余匪妥办善後）一摺，前据曾元福奏：（巨逆洪欉轰毙，全台肃清）；当经谕令曾元福、丁曰健督兵搜捕余匪，务绝根株。现在洪璠又被捦获，匪党洪戆古等均就歼戮，是台湾地万业已安定；着曾元福、丁曰健将善後一切事宜妥为筹办，并将逃散零匪悉数搜捦，以期除恶务尽，永奠民生。漳州贼氛虽挫，尚未就歼，深恐偷渡来台，勾结为患；着曾元福、丁曰健檩遵前旨，实力巡查，妥筹防范，毋稍疏虞。左宗棠、徐宗乾务当督饬将弁乘屡胜之威，迅速攻复漳郡，剿灭匪众，俾免日久蔓延。将此由五百里谕知左宗棠、徐宗干，并传谕曾元福、丁曰健知之。
以福建剿灭彰化内山踞逆，赏守备郑荣巴图鲁名号，知府叶宗元、都司张显贵等花翎，通判王修业等蓝翎；余升叙、开复有差。
夏四月十一日（乙亥），谕〔议政王军机大臣等〕：传谕署福建台湾镇总兵官曾元福、台湾道丁曰健：丁曰健奏（督军搜拏巨匪，并查办善後、妥筹防海及捦获嘉义逆首等犯正法）各摺片，台湾彰化内山匪党，前经丁曰健督军剿办，将洪欉等股踞逆悉数歼除，台湾一律安定；现复严督各军分路搜剿，将着名股首庄明得、廖阿螺及洪欉之胞兄洪狗等捦获，其潜匿坪林山顶之悍贼洪花亦经官军用枪刺毙，其妻李氏身受铳伤，均枭取首级示众；复将草田庄等贼巢攻破，获匪多名，并捦获罗务等匪党，均先後讯明正法；嘉义匪首严办亦经曾元福派队歼毙，获党多名：剿办尚属认真。着曾元福、丁曰健查明所获要犯洪狗、洪花等是否的系正身？不得稍涉含混，致令漏网潜逃，复生他变。其在逃之要犯陈鮄及零散余匪，并着督饬地方文武员弁、团勇分路搜拏，以期尽绝根株，永弭後患。一切善後事宜，着一并妥为筹办。据丁曰健奏称（贼党四处逃匿，未便屯兵糜饷）；自应量为裁撤。即着斟酌情形，随时遣撤；仍酌留兵勇，将潜匿之匪实力搜捕，以期净尽。漳州贼匪未平，深恐勾结渡台为入海之计；着曾元福、丁曰健仍遵前旨，於海口要隘妥筹防范，毋令阑入台地。所有斩获嘉义股首严办等出力人员，着曾元福等查明保奏，毋许冒滥。
以福建台湾全境肃清，赏道员丁曰健布政使衔、总兵官曾元福提督衔。
五月十二日（丙午），以江苏候补副将富勒浑泰为福州副都统。
十八日（壬子），以福建台湾剿匪出力，赏道员曾云峰、都司李准芳等花翎，千总徐毓恩等蓝翎；余加衔、升叙、开复有差。
予福建台湾阵亡游击叶得茂等三十一员祭葬、世职，绅民兵勇一千三百十九名赏恤如例，一并附祁道员孔昭慈专祠。
六月初十日（癸卯），以太仆寺少卿丁绍周为福建乡试正考官、国子监祭酒丁培镒为副考官。
秋七月初三日（乙丑），暂署两江总督李鸿章奏：（丁忧署福建陆路提督郭松林呈请开缺，回籍终制。得旨：郭松林带兵素能得力，在江、浙等省屡着战功。着毋庸开缺，赏假四个月回籍；一俟假满，即前赴江苏军营听候调遣。
二十二日（甲申），谕内阁：左宗棠奏（特参年力就衰之司道，请旨革职）一摺，福建布政使张铨庆年迈健忘，左宗棠派令周开锡、吴大廷会办通省厘税局务，该藩司於各务一意推诿，於军饷缓急从不过问；钱粮为藩司衙门专责，并不设法催徵，较上届更短解四分之三。团总诬瓯宁县民叶尾婢为土匪，前署瓯宁县知县赵人同未经讯供，即批饬正法；赵人同於署延平府任内经左宗棠撤任查办，案尚未结，而张铨庆复委该员代理建宁府事。该藩司於闰五月因病禀请开缺，用八百里排递；左宗棠以其不知缓急，未即批示。旋於六月具禀起病，实属昏愦糊涂，意存恋栈。督粮道周揆源，年已七十有余，衰庸充位，於时事漫不经心；擅那前任兴泉永道任内厘项划抵南米，与张铨庆互相辩驳，尤属卑鄙。张铨庆、周揆源均着即行革职，以肃官常。张铨庆尚有经手未完事件，着左宗棠饬令赶紧清厘，再行回籍。
闽浙总督左宗棠奏：遵查台湾逆匪陈哑狗，实由总兵曾元福生捦正法；前署提督林文察相距较远，以致奏报歧异，报闻。又奏：猎射凹营盘失陷，实因子药、砖石俱尽，营官熊常富不能设法堵御，致勇丁死亡过半；应请革职拏问。从之。
以福建按察使王德榜为布政使、兴泉永道邓柚为按察使。
九月初八日（庚午），修福建台湾战船；从巡抚徐宗干之请也。
冬十一月十一日（壬申），予福建洋面阵亡游击陈韶舞祭葬、世职。
十二月初九日（庚子），谕内阅：前因左宗棠奏：（闽省鹾纲疲坏，请试行票运一年）；当交户部议奏。嗣经该部以闽盐改行票运，全议更张，恐亏课病民；咨令该督妥筹，期於毫无窒碍。兹据奏称：（自本年闰五月起，试行票运；甫及半年，所收实解之款已抵前次一年半之数。向之疲滞口岸，自试行新章以来，渐有商贩认办；各衙门一切陋规，所裁不下七、八万两，群情翕然。且厘随课出，皆取之买票商贩，并未沿海散抽。数月以来，亦无私枭拒捕之案。从前县澳官帮坐收课费，以充私橐；今则挈向时官吏私攫之款，涓滴归公。至闽盐积欠数百万两，现虽专顾课厘，而旧欠仍未尝不按期催缴。请仍饬部将试改票运行止，速行议覆）等语。览其所奏，於闽省盐纲之积弊及现办票运之可行，实为洞悉原委。总之，盐务为国课大宗，亦为奸胥利薮；惟在得人而理，斯能力挽颓纲。票运之行，虽不能保其必无流弊；倘承办之员均能洁己奉公，不为私计，自足以除从前积重难返之弊，而与为更始。该督既称商情既便、市价无增，无加额之名而有裕课之实，即着照所请，先行试办一年。俟有成效，即行奏明着为定章，以肃鹾政而裕课饷。