同治五年（一八六六、丙寅）春正月初二日（壬戌），以福建筹备兵糈，予将军英桂、总督左宗棠、巡抚徐宗乾等议叙有差。
三十日（庚寅），补铸福建彰化县知县印信；从巡抚徐宗干请也。
二月二十九日（己未），谕内阁：前因左宗棠奏参福建布政使张铨庆昏愦糊涂，意存恋栈；曾降旨将该员即行革职。兹据徐宗干奏：（张铨庆在闽、浙军营二十余年，办理文案尚为通达；在藩司任内勤俭着称，虽器识稍近褊狭，而诚实廉谨，尚可降格量用）等语。张铨庆着吏部调取引见。
二十八日（丁亥），以剿匪出力，复福建已革副将吴鸿源职。
夏四月二十八日（丙辰），以福建台湾搜捕逆匪出力，赏副将汤得陞巴图鲁名号、在籍员外郎黄景琦等花翎、通判萧澈等蓝翎，知府陈懋烈等加衔、升叙有差。
五月初八日（丙寅），福建水师提督吴全美因病解职，以漳州镇总兵官李成谋为水师提督、记名总兵官孙开华为福建漳州镇总兵官。
初九日（丁卯），谕内阁：福建海坛镇总兵黄进平、台湾镇总兵曾玉明、闽粤南澳镇总兵颜青云、福建台湾道丁曰健、台湾府知府陈懋烈均着开缺来京，交该部带领引见。
十一日（己巳），谕〔内阁〕：徐宗干奏（武职大员子弟乡试获中，访有情弊，请斥革究办）一摺，福建台湾镇总兵曾玉明之子曾云登、曾云书於上年福建甲子科乡试中式举人，经该抚及提调、监试司道各员访查曾云登等素不能文，恐有情弊，传提来省讯究；乃该镇托词业已内渡，延不到案，显有徇庇情事。前任台湾镇总兵曾玉明着暂行革职，勒令将伊子曾云登、曾云书交出解省究问。曾云登、曾云书均着革去举人，交左宗棠拘拿到案，严讯确情，按律定拟具奏。曾玉明有无主使作弊别情及徐宗乾等失察处分，着俟定案时声明请旨。寻奏：遵讯曾云登、曾云书因弟兄号舍相联，商默旧文获中，尚无枪替怀挟等弊；应照士子越号换写文字例，减一等科罪。曾玉明有心徇庇，业经革职，应无庸议；监临、提调等均无失察之咎，请免议处。下部议；从之。
六月初三日（庚寅），谕〔军机大臣等〕：左宗棠奏（现拟试造轮船并剿捻利用车战）各摺片，中国自强之道，全在振奋精神，破除耳目近习，请求利用实务；该督现拟於闽省择地设厂、购买机器，募雇洋匠试造火轮船只，实系当今应办急务。所需经费，即着在闽海关税内酌量提用。至海关结款虽完，而库储支绌；仍须将此项扣款按年解赴部库，闽省不得辄行留用。如有不敷，准由该督提取本省厘税应用。左宗棠务当拣派妥员认真请求，必尽悉洋人制造驾驶之法，方不至虚糜帑项。所陈各条，均着照议办理将此由五百里谕令知之。
二十一日（戊申），补铸福建台湾北路协副将关防；从总督左宗棠、巡抚徐宗干请也。
秋七月初三日（己未），谕内阁：左宗棠、徐宗干奏（台湾军功人员褒奖过优，请旨撤销）一摺，福建候补县丞佘辰随同署总兵曾元福在台湾军营办理文案，业经该署总兵等会保，请免补县丞、以知县留於福建即补，复经层递保奖翎支升阶，至知府遇缺即补并加道衔；经吏部行文核驳。该员不候本省督、抚查办，辄自行遣丁赴部具呈，请将原保各案核准；吏部复经据呈准行，悉照原保办理。现经左宗棠等查明该员递保各案多系冒滥，所有佘辰原保免补同知、直隶州知州、知府、道衔并请戴花翎之处，均着撤销；仍着以知县归部选用，毋庸留於福建候补。署台湾镇总兵副将曾元福保举人员未能核实，着交部议处。至吏部佘余辰递保各案既经行文查驳，何以辄凭佘辰遣抱呈词，率行议准？其中显有情弊。着吏部堂官确切查明，据实具奏，毋稍回护。
初八日（甲子），谕〔军机大臣等〕：前据左宗棠奏：（拟於闽省择地设厂、购买机器，募雇洋匠试造火轮船只）；当谕令该督照议办理。兹据蒋益澧奏：（拟於沿海省分建设铁厂，制造轮船，或在福建设厂、或在广东设厂）等语；着瑞麟、蒋益澧咨商左宗棠会筹妥办。将此由五百里各谕令知之。
八月十七日（癸卯），陕甘总督杨岳斌因病解职，调闽浙总督左宗棠为陕甘总督。以漕运总督吴棠为闽浙总督；未到任前，以福州将军英桂兼署。
九月丁巳朔，以福建巡洋出力，予千总刘廷华等升叙、开复有差。
追予福建台湾殉难道员孔昭慈建立专祠，谥（刚介）。
初七日（癸亥），福建布政使王德榜乞假养亲，以按察使邓廷楠为布政使、延邵道康国器为按察使。
二十八日（癸未），谕军机大臣等：左宗棠奏（筹议变通闽、浙兵制）一摺，闽省绿营兵制额冗饷薄，素不训练，临事不能收一战之功，并不能为一日之守；据左宗棠所陈积弊情形，实属洞中窽要。该督现拟将无用之兵汰除四成，即以裁兵之饷加给在营之兵，并营抽练；所筹甚为切当。着即照所议办理，并着督饬水陆各营认真训练，务当切实请求，不可有名无实。左宗棠起程在即，所有未尽事宜，并着英桂、吴棠、徐宗干悉心筹画，俾臻妥善；总期兵归实用、饷不虚糜，毋蹈仍前积习。浙省兵丁议复常制，止须少募新兵，精练汰存旧兵；即着左宗棠、英桂、吴棠与马新贻、黄少春将一切事宜妥为筹议，责成杨昌濬专主其事，实力办理。水师船炮，尤宜讲求坚利；闽省购造粤东拖罾船只，亦当力求坚固，不可以敝窳充数。左宗棠前奏闽省设厂制造轮船，尤为水营要务；即着吴棠接办，不可日久废弛。将此由五百里各谕令知之。
冬十一月十一日（丙申），谕军机大臣等：英桂、徐宗干奏（闽省绅民恳留督臣暂缓西行）一摺，据该绅民等呈称：（闻左宗棠调补甘肃之命，惶然如失所恃。并以创造轮船一事机不可失，如使总督暂驻闽中，豫将赴甘之师先行部署，俟外国工匠毕集，创造一有端绪，即移节西征；既省待兵待饷之期，又无顾此失彼之虑）等语。所陈不为无见；朝廷亦知轮船事属创始，有治法必有治人，方臻周妥。无如关陇数千里之地贼众兵疲，民生日蹙；若不亟筹得力大员统师前往，诚恐蔓延腹地，为患益深。是以令左宗棠移节西陲，为地择人，实非得已。今据沈葆桢等所呈各节，亦属切要之图。英桂现尚未接印，着左宗棠暂缓交卸督篆，克日催督工匠上紧制造，妥定章程，与英桂、沈葆桢会商办理；并将西征兵将，豫为部署。该省协饷原皆有着之款，惟增兵仍须增饷，该督如有所见，不妨据实敷陈，以备采择。前已有旨授刘典甘肃臬司，为期与该督相习，可收指臂之助；着该督即行檄催刘典先行赴任，并将兵将酌拨数营交刘典管带，令其迅速入甘。该督俟吴棠到任後，再行交卸来京；轮船有端倪，即交英桂、吴棠、沈葆桢认真经理。沈葆桢现既在籍，於此等紧要事件未可视同膜外；即着帮同该省督、抚等悉心区画，以期周密。将此由五百里各谕令知之。
十三日（戊戌），谕军机大臣等：前因闽省设厂制造轮船，事关紧要，特经谕令吴棠接办；复经谕令左宗棠将轮船事务办有端倪，交英桂、吴棠、沈葆桢等经理。兹据左宗棠奏（请派重臣经理船政，接管局务）一摺，该督以轮船事在必行，不以去闽在迩，遽行阁置；实属沈毅有为，能见其大。着遵奉前旨，将设局造船事宜办有眉目，再行交卸起程。沈葆桢办事素来认真，人亦公正廉明；现虽守制家居，惟事关船政大局，必须经理得人。该前抚务当遵奉前旨，出而任事，不可稍行诿卸。所有船政事务，即着该前抚总司其事；并准其专摺奏事，先刻木质关防印用，以昭信守。一俟局务办成，再行奏请部颁关防。一切应办事宜并需用经费，均着英桂、吴棠、徐宗干妥为经理；仍随时与沈葆桢会商，不可稍有延误。道员胡光墉，即着交沈葆桢差遣。左宗棠另奏请令刘典帮办甘肃军务，本日已明降谕旨，照所请行。前因刘典系丁忧人员，是以降旨令该员署理甘肃按察使；现在该员是否服阕？并着左宗棠查明具奏。将此由六百里各谕令知之。
二十四日（己酉）：谕内阁；左宗棠、徐宗干奏（军需摊捐银两，恳恩免捐）一摺，福建省捐摊各案，叠经该提督等奏请裁革，均已降旨允行，原以养民生而恤廉吏。兹据左宗棠等奏称：（该省官吏应摊剿办台匪张丙军需等款，自道光年间起分年核扣，至同治五年止，计共未补银一百二十八万四千两零。各州、县负此巨逋，或以後数十任代前人赔偿、或以亏累大重而营求调剂、或以那掩勒交而被参致屈，亏累太多，励廉无术；援案恳予免捐，俾清积累）。自系实在情形。所有前项两案军需摊捐银两，着加恩免捐，以示体恤。嗣後该省州、县各官既无摊捐之累，办公应稍从容；其各倍檩官方，驯致廉洁。该督、抚等乃严饬所属实力整顿，不得另立名目，使各官吏有所藉口，以副朝廷兴廉恤吏之意。