同治八年（一八六九、己巳）春正月二十八日（庚子），福建巡抚卞宝第因病乞假，以闽浙总督英桂兼署巡抚。
三月十一日（癸未），改福建台湾镇标右营、台湾协中营、澎湖协左右二营都司、台湾镇标右营守备为千总，噶玛兰守备为把总；裁台湾协中右二营、澎湖协左右二营守备各一缺，台湾镇中左二营、台湾城守右军、北路协中营、台湾协中左右三营、澎湖协左右二营、噶玛兰营、沪尾营、南路营、嘉义营、北路协右营千总十四缺，台湾镇标中营、南路下淡水营、北路协中营右营、台湾协中左右营、沪尾营、澎湖协右营把总十七缺、外委四十六缺，马兵五十名、战兵三千七百四十七名、守兵三千一百五十六名；改台湾镇标右营为道标，专隶台湾道管辖：从闽浙总督英桂请也。
夏四月十八日（庚申），调福建陆路提督郭松林为湖北提督、湖北提督江长贵为福建陆路提督。
二十四日（丙寅），谕军机大臣等：沈葆桢等奏：（前任台湾道吴大廷因病开缺，回籍调理；现在船政需员，请饬仍赴闽）等语。吴大廷告假回籍调治，业经半载，计早痊癒；着刘@迅即饬令该员赶紧赴闽，襄理船政，不得迟延。将此谕令知之。
五月十六日（丁亥），以福建按察使康国器为广西布政使、山东盐运使潘霨为福建按察使。
秋七月辛未朔，谕军机大臣等：总理各国事务衙门奏（洋人在台湾违禁滋事，现筹办理情形）一摺，洋人美利士等在台湾大南澳地方伐木垦荒、私贩军火、交通生番，实属违禁妄为；业经该衙门照会英、布两国使臣由中国自行拏办，并知照该督、抚酌核办理。此事英国使臣自知理屈，已据照覆，饬将英人名康撤回；而布国使臣则请将美利士暂行停办，显有袒护之意。此时该洋人等会否撤回，抑仍在该处招募工作？如果不遵条约，任性妄为，自应由该督、抚查拏惩办。惟事关中外交涉，必须有明干大员随时斟酌办理，方臻妥协。台湾道一缺关系紧要，未便久悬；着英桂、卞宝第迅速拣员奏补或先择人署理，责成将洋人交涉事件察看情形，妥慎筹办。总期不激不随，毋稍偏倚。原摺着钞给阅看。将此由四百里各谕令知之。
初二日（壬申），谕军机大臣等：英桂、卞宝第奏（请简台湾道员缺，并请以杨在元试署台湾镇总兵）各摺片，本日已降旨令黎兆棠署台湾道员缺，并批令杨在元试署台湾镇矣。台湾孤悬海外，五方杂处，人心浮动；当此多事之秋，必其人才识足以独当一面而又能实心整顿者，方能有益地方。着英桂、卞宝第於该镇、道到任後，留心察看：如措置未能合宜，即行奏明撤回，断不可因保奏在前，稍涉回护。倘该督等有心徇隐，致误地方，必惟英桂等是问。将此由四百里各谕令知之。
九月二十日（戊子），移福建凤山县兴隆里巡检於枋寮，并拨台湾道标千总一员、兵一百名同往驻紮；从闽浙总督英桂请也。
二十七日（乙未），谕军机大臣等：沈葆桢奏（新造轮船赴津，请派大员勘验）一摺，福建新造第一号轮船，沈葆桢现派道员吴大廷监驶赴津；着派崇厚前往验收。所有船身、机器、滊鑪一切是否悉臻完善？并着详细斟明，据实覆奏。至此号轮船，即着照沈葆桢前拟，名为（万年清）。沈葆桢所绘轮船总图，业由军机处呈进，留中备览。沈葆桢原摺着钞给崇厚阅看。寻崇厚奏：遵验新造轮船，实系工料坚固、轮机灵捷，教习驾驶亦颇嫺熟。报闻。
冬十月初九日（丁未），以福建台湾水师协副将吴鸿源为浙江处州镇总兵官。
十一日（己酉），谕内阁：英桂、卞宝第奏（请将庸劣不职之厅、县分别革职降补）一摺，福建海澄县知县朱心培性情贪鄙、办事颟顸，延平府上洋通判姚荣纪嗜好太重、声名平常，署彰化县知县通判卢灥操守不谨、嗜好甚深，均着即行革职；准补平和县知县署罗源县知县陆如琨公事废弛、难期振作，着以县丞降补，归部铨选，以肃官常。
十二月二十四日（辛酉），福州副都统富勒浑泰因病解职，以吉林协领全福为福州副都统。
同治九年（一八七○、庚午）春二月初二日（戊戌），谕内阁：卞宝第奏（请开缺回籍终养）一摺，览奏情词恳挚，本宜俯如所请；惟念卞宝第自简任福建巡抚以来，办理一切俱臻妥协，未便遽易生手。卞宝第着无庸开缺，赏假三个月，回籍迎接伊母赴署。该抚於视事之余，晨昏侍奉；即无负朝廷委任之意，兼可慰该抚孝养之思，毋再固请。卞宝第起程後，福建巡抚着英桂兼署。
初五日（辛丑），谕〔军机大臣等〕：英桂、卞宝第奏（查明台湾洋案，请将主谋构衅之萧瑞芳等惩办）一摺，据称（英国领事吉必勳、洋弁茄当前在台湾安平地方违约滋事各案，经该署道黎兆棠查系廪生许建勳、副将萧瑞芳为之主谋，以致洋人藉端生衅。现在许建勳冒开洋行，私贩樟脑，日引洋人深入内山；萧瑞芳私造战船，希图出海：请即拘案惩办）等语。台湾为商贾辐凑之地，人情浮动，今许建勳怀挟私嫌，胆敢重赂洋人，从中构煽；萧瑞芳身任武职大员，竟至偷见茄当，煽其开炮占署，酿成巨案，实属目无法纪。若不从严惩办，何以禁遏内奸！萧瑞芳、许建勳均着先行斥革，英桂等即密饬黎兆棠迅将该二犯一并严拿正法，以绝後患。惟该犯等与洋人声息相通，而必麒麟因扣留樟脑一案屡唆住京英使向总理各国事务衙门哓渎；此事办理之後，该洋人能否不至另生枝节，滋扰地方？该督等惟当责成黎兆棠妥为办理。将此由五百里各密谕知之。
十一日（戊申），谕内阁：吏部奏（调补知府与例不符，请旨办理）一摺，浙江温州府知府陈思燏既据英桂等奏称於福建情形甚为熟悉，着即准其调补福建台湾府知府；嗣後不得援以为例。所有该督、抚应得处分，着加恩宽免。
十三日（己酉），谕内阁：昨据吏部奏称：（福建台湾府知府梁元桂撤回另补，遗缺未奉特旨拣调，英桂等遽请以陈思燏调补，与例不符；请将该督、抚照例议处）。当经降旨，仍准以陈思燏调补，并将该督、抚处分加恩宽免。因思台湾地方紧要、事务纷繁，历经降旨令该督、抚於闽、浙两省知府内拣调；英桂等因员缺要紧，未候谕旨遽请调补，自与旧章不符。嗣後遇有台湾府缺出，即着该督、抚奏明请旨，於闽、浙两省知府内拣员调补；倘一时不得其人，并准於应升人员内择其人地相宜者，奏明题补，以重要缺。
二十日（丙辰），谕〔军机大臣等〕：总理各国事务衙门奏（法国使臣藉兵要挟，渐不可长，请饬各省遇有外国案件持平速结，并请饬地方官於传教事件先事防维，列入考成）及（请饬江苏、福建迅办英国未结各案）各摺片，上年法国使臣罗淑亚因四川等省教案未结，自行出京，携带兵船赴安徽、江西等省，不过数月，各案俱结；该使臣现在回京颇鸣得意，是其轻视中国官吏已可概见。传教各案牵涉民人，即系地方官分内应办之事；乃积习相沿，因循推诿，日久不结，致令该国使臣藉兵要挟，此风何可渐长！倘各国闻而效尤，後患伊於何底。且恐奸民乘机簸弄，更形掣肘；而中国官吏办事泄沓之风，亦足贻诮外洋。着各该将军、督、抚、通商大臣等严饬所属，遇有中外交涉事件，即认真查办，持平迅结；毋得仍前延宕，致外人得以藉口。况现在英国使臣威妥玛钞录上海新闻纸，以罗淑亚催办各省积案有效为词；则该国未结各案，岂可听其迁延！着文煜、英桂、卞宝第、马新贻、丁日昌将台湾贩运樟脑等案克日办结，毋贻该国使臣口实。嗣後各该省遇有交涉案件，并着各该将军、督、抚饬属勒限完结，以弭後患。至传教一事，流弊固多；而地方有司如能先事图维，经权互用，未尝不可杜其干预。着各该将军、督、抚、大臣等密饬地方官遵照前次总理衙门通行成案悉心体察，豫为经理。倘能办理妥协，即准其与催科抚字一例考成，以冀挽回积习，用弭衅端。原摺片单共四件，均着钞给阅看。将此由六百里各谕令知之。
二十一日（丁巳），谕军机大臣等：文煜等奏（筹办运济京仓米石，请援照成案办理）一摺，本年闽省筹款购米运赴京仓，据文煜等奏称：（一面派员仍赴上海、台湾等处，一面招商采购，共办粳米、籼米十万石运津交收；请在闽海关四成洋税项下拨银采办，并请援案免厘及派员赴津会收）等语。所办均与成案相符。此次该省赴上海采办之米石，即着丁日昌转饬苏松太道遵照同治七年成案，给照免徵厘税，查验放行。其采办银两，着准於闽海关四成洋税项下动拨银十五万两，以供采办。至运通剥价等项，即由文煜等筹交道员吴大廷转解。该省米船不日即可抵津，着曾国藩、英元、毕道远、崇厚劄饬天津道先期豫备；一俟船只进口，即会同闽省委员随验随运，不准稍涉延误。将此各谕令知之。
三月二十八日（甲午），谕军机大臣等：英桂、卞宝第奏（拟派员募勇驰赴陕甘助剿）一摺，英桂等因闻甘省回匪分股绕窜陕境，军情吃紧，拟派总兵刘明灯、杨芳桂驰赴鄂省各募楚勇两营前往陕西，听候左宗棠调遣，以资攻剿，所筹固为力顾大局起见；惟叠据左宗棠奏称（西征军饷颇形支绌，若遽令刘明灯等募勇入陕，恐有兵多饷缺之累）。刘明灯等向来带兵既尚得力，着英桂等即饬令驰赴甘肃军营，听候左宗棠差遣。其应否派令添募勇丁或酌拨队伍令其统带剿贼之处？均着左宗棠酌度办理。将此由四百里各谕令知之。
夏五月初六日（辛未），谕内阁：英桂奏（遵查副将恃强霸产、结党滋事各节，分别办理）一摺，福建在籍副将林文明强占民人林应源等田产并占收入官叛产租榖，经英桂查明，饬令归还赔缴；该副将胆敢抗不遵依，声称欲与原告林应时对质，率党直入彰化县署刃伤勇丁，形同叛逆。英桂已派员将该犯拿获正法，足昭炯戒。其胁从人众，即着英桂饬令台湾镇、道妥为安插，予以自新，母令再生事端。