福建台湾道吴大廷奏：整顿海防，添制龙艚等船。得旨：即着会同刘明灯随时整顿，并严饬各船员弁实力梭巡，以清积弊。
秋七月初九日（庚申），命闽浙总督吴棠驰赴广东查办事件，以福州将军英桂兼署闽浙总督。
初十日（辛酉），谕军机大臣等：前因左宗棠奉命西征，特令沈葆桢总理船政。兹据沈葆桢奏报任事日期并沥陈各情，览奏具见诚悃。船政事宜，本非旦夕所能奏效；左宗棠以事当创始，专摺请派，其知该前抚者实深。该前抚清慎之怀，中外共见；朝廷因事择人，亦期任事者以朝廷之心为心，并非浮言可夺。该前抚现已任事，惟当勉为其难。即着督饬周开锡等实力讲求，并将日意格等加意笼络，庶观成有日，用以自强；毋得瞻前顾後，有误钜工。沈葆桢以本地绅士督办船政，必须地方大吏联为一气，呼应始灵；英桂、吴棠、李福泰务当和衷商办，俾该前抚永无掣肘之虞。其应需经费，并着英桂等随时经理，以竟全功。将此由五百里各谕令知之。
八月辛巳朔，命国子监祭酒邵亨豫提督福建学政。
三十日（庚戌），船政大臣、前署江西巡抚沈葆桢奏：查看福州海口创修船坞工程，并豫行练习水勇。得旨：事属创造，该大臣即当力任其难，妥筹办理，以杜流弊而收实效。
冬十月十七日（丙申），谕军机大臣等：沈葆桢奏（洋将购器募工，均已就绪，并请令周开锡始终其事、留李庆霖差遣）各摺片，洋将日意格回国采办器具俱已齐备，并雇觅工匠人等，十月後可陆续到闽；即着沈葆桢会同英桂、李福泰督饬局员及该洋将等应办工程妥速布置，一面赶造船身，轮机到时即可配制。前署藩司周开锡、道员胡光墉，前经左宗棠等奏派充局员，并据左宗棠奏称（但愿谨守条约，可望有成）；是左宗棠於船政一事，责成该员等确有把握。着沈葆桢传知周开锡专意从公，毋得畏难退阻；并着马新贻迅催胡光墉克期赴闽，以资差委。道员叶文澜现在已否到局？该员前有被控之案，着英桂、李福泰速为秉公断结。知府李庆霖前经吴棠奏参革职，勒令回籍。兹据沈葆桢奏称该员在局襄办有年，尚无劣蹟；着橍式准留船政局差遣。倘复始勤终怠，即着沈葆桢据实参撤，毋稍回护。所有船政一切事宜，着英桂等俟吴棠旋任後，详细商榷，和衷办理。将此由五百里各谕令知之。
十一月二十五日（甲戌），兼署闽浙总督英桂奏：（提臣李成谋巡阅台湾，回省尚需时日；本年军政未能依限办理）。下部知之。
二十六日（乙亥），调福建巡抚李福泰为广东巡抚，以河南布政使卞宝第为福建巡抚。
二十九日（戊寅），予福建巡洋阵亡守备布义等祭葬、世职。
十二月十八日（丁酉），调闽浙总督吴棠为四川总督。以浙江巡抚马新贻为闽浙总督；未到任前，以福州将军英桂兼署。
同治七年（一八六八、戊辰）春正月初十日（己未），以巡洋获盗，予福建守备苏桂森等加衔、升叙有差。
二月初二日（庚辰），谕〔军机大臣等〕：沈葆桢奏报（造船开工日期并陈明船厂情形）一摺，据称（开造轮船铁厂，关系最重。上年十二月间船台造成一座，所运铁器木料亦已附舶而来，当亲率在事官绅、工匠前赴船坞开工，相机酌办。唯需石、需木、需土、需匠，四者颇难）。所奏均中窽要。轮船一事，所难在於经始；现在鸠庀已有可观，尤当矢以实心实力，期於必成。即着沈葆桢督饬周开锡等及日意格各员尽心经理，毋以畏难自阻；庶日新月异，共观厥成。其巡察布置一切，均着照该前抚所议办理。沈葆桢以本地绅士督办船政，事非易为；英桂、马新贻、李福泰、卞宝第务当遇事筹商，并将经费随时拨给，俾得一无牵掣，克蒇要工。将此由四百里各谕令知之。
以福建开办船厂出力，赏洋将日意格等花翎、职衔有差。
三月二十六日（甲戌），礼部以会试中额请；得旨：满洲取中七名、蒙古取中二名、汉军取中五名、直隶取中二十名、奉天取中三名、山东取中十六名、山西取中七名、河南取中十七名、陕甘取中五名、江苏取中二十四名、安徽取中十五名、浙江取中二十五名、江西取中二十二名、湖北取中十一名、湖南取中十四名、福建取中二十名、台湾取中二名、广东取中十五名、广西取中十二名、四川取中十六名、云南取中四名、贵州取中十名。
夏四月己卯朔，谕军机大臣等：英桂等奏（筹米运津）一摺，英桂等以畿辅大兵云集，需粮孔亟，拟拨款购米十万石，由轮船运赴天津，听候提拨；实能力顾大局。即着饬令周开锡等赶紧采办、陆续运律，并着崇厚督饬天津道、府先期雇备剥船，俟此项米石到津，即饬天津道会同道员夏献纶验收，并由崇厚妥速运赴京仓。所有前项米船经过地方，着官文、曾国藩、郭柏荫、丁日昌、何璟饬令各关口概免徵收厘税，即予查验放行。将此由五百里谕知官文、曾国藩、英桂、郭柏荫、丁日昌、李福泰、崇厚、沈葆桢，并传谕何璟知之。
初三日（辛巳），三口通商大臣、兵部左侍郎崇厚奏：福建筹济兵米，现由轮船起运到津，拟饬天津道会同该省委员先行验收屯栈。报闻。
十七日（乙未），以福建台湾叠次缉匪出力，赏同知吴本烈、都司李忠元等花翎，知县朱必昌等蓝翎；余加衔、升叙有差。
五月初七日（癸未），补铸福建台湾水师副将、左营游击、中军守备各关防、条记；从署总督英桂请也。
十八日（甲午），谕〔军机大臣等〕：沈葆桢奏（江岸坍塌逼近船台，现筹堵御）一摺，船台前江岸於闰月十九日夜间被风浪冲啮，塌入水中；所有岸旁堆积群材虽经拖运中间，台前亦添钉巨椿三层，暂资堵御，惟岸址未坚，风涛不时冲激，其势断不能久。该大臣现拟疏泄积水、改筑石堤，将环坞长濠一律填塞，俾土性乾凝、岸旁地基巩固；所筹尚属妥协，着即照所拟办理。船坞厂基关系綦重，该大臣务当赶紧庀材集夫，督率兴修，以防横决。此次江岸坍塌，该大臣未能先事豫防，所请严议之处，姑从宽加恩，改为交部议处。嗣後惟当审慎督修，毋稍疏忽，以期无负委任。将此由四百里谕令知之）。寻吏部议：沈葆桢照防范不严例，降一级留任。得旨：准其抵销。
秋七月二十日（乙未），调两江总督曾国藩为直隶总督、闽浙总督马新贻为两江总督，以福州将军英桂为闽浙总督、正蓝旗汉军都统文煜为福州将军。
八月乙巳朔，谕军机大臣等：台湾地方关系最为紧要，道员吴大廷前因患病内渡，经沈葆桢留於船政局差委；即着英桂等饬令迅回本任，以重职守。总兵刘明灯能否胜任？并着英桂、卞宝第留心察访；如不称职，即行据实参奏，毋得稍涉瞻徇，致滋贻误。将此由五百里各谕令知之。
复以邓廷柚为福建布政使。
九月二十四日（戊戌），谕〔军机大臣等〕：总理各国事务衙门奏：（豫、苏、闽等省现办传教各案，中外未能相安）一摺，据称（河南省南阳教堂一案，民人传帖聚众，其势汹汹；江苏扬州聚众殴辱教士，曾国藩咨报讯办，粗有头绪。台湾壮勇杀死教民，英桂尚未将办理情形咨报，而该国使臣屡请拏办正凶，情词迫切）等词。传教一事已载在条约，势难显为禁止；惟在自端趋向，崇正黜邪。现在办理各件，务须妥慎筹维，当行者就案完结、当拒者按约辨明；不至日久迁延，横生枝节，方为妥善。着曾国藩、英桂、马新贻、丁日昌、卞宝第、李鹤年各将现办未结之教案，迅速设法了结；毋稍偏徇，致办理不得其平，转滋流弊。原摺着各钞给阅看。将此由五百里各谕令知之。
又谕：本日据总理各国事务衙门奏（现办传教各案，中外未能相安，请饬迅速完案，并通饬各省按约办理）一摺，已谕令江苏、福建、河南各督、抚迅速办理矣。惟思传教一案载在条约，自难显为禁止；惟在修明正学、自端趋向，乃能崇正黜邪，潜消隐患。遇有交涉事件，尤当持平办理，当行者就案完结、当拒者按约辨明，庶可关其口而夺之气。嗣後各该地方，如有传教之洋人，务令士民各守本业，不得听信浮言，无端寻隙。倘有不安本分教士滋优地方，即知会领事官按约惩办；必使民教相安，不至酿成巨案。着各直省将军、督、抚等通饬各该地方官妥慎办理，毋稍偏徇，致滋流弊。原摺着各钞给阅看。将此各谕令知之。
冬十月甲辰朔，谕内阁：前因福建台湾镇总兵员缺紧要，当经谕令英桂等察看刘明灯能否胜任。兹据奏称：该总兵於台湾重镇不甚称职；刘明灯着即开缺，交英桂、卞宝第再行详加察看。台湾镇总兵员缺，着该督、抚等於通省总兵内拣员调补；所遗员缺，着朱德明补授。
十一月二十八日（辛丑），谕〔军机大臣等〕：英桂、卞宝第奏（台湾领事官纵令洋将违约妄为，请饬总理衙门办理）一摺，台湾领事官吉必勳於议给之案忽然翻约，纵令@当开炮掳船，占踞营署，偪死副将大员、杀伤兵勇、焚烧军火局库、索取兵费种种违约，实属有心构衅，岂能稍事姑容；已谕令总理各国事务衙门知会英国公使办理矣。台湾物阜而民杂，近年各国通商，易於起衅；英桂、卞宝第务择为守兼优、通达事体之镇、道大员前往，遇事刚柔互用，按约办理。并整顿营制、吏治，以肃官方，不可稍涉大意。未结各案，即着饬令曾宪德等迅速办结。将此由五百里各谕令知之。
予福建台湾伤亡副将江国珍祭葬、世职。
十二月初六日（己酉），予福建彰化被戕巡检曹本祭葬、世职。
初七日（庚戌），谕〔军机大臣等〕：前据英桂等奏（台湾洋人违约妄为）等情，当经谕令总理各国事务衙门知会英国使臣办理。兹据奏称：（台湾樟脑一案，叠经咨行该督、抚早为办结，免致藉端生衅；乃迁延日久，致有开炮掳船、杀伤兵勇之事。现经该衙门将领事等逞凶违约情形，照会该国使臣，令其从严惩办，尚未接有照覆。惟该督、抚前奏台湾焚烧教堂并华洋交殴、谋死教徒各案，已结五起、未结二起，及吉必勳覆文一切情形，未据咨报；总理衙门无凭办理）。中外交涉事件，必须彼此随时知照，方免舛误，岂可稍涉迟延！着英桂、卞宝第即将办理已、未结教案启衅情由及与该领事面议各节并来往文件，赶紧详细咨报该衙门核办；并将此案始末情形据实咨报，不得稍有回护粉饰，致滋口实。将此由五百里各谕令知之。
初九日（壬子），追予福建台湾阵亡总兵官林向荣建立专祠，弟向皋、子张成暨弁兵等一并附祀。
二十三日（丙寅），谕〔军机大臣等〕：总理各国事务衙门奏（接据英国照会，据实奏闻）一摺，洋弁在台湾违约妄为，前经总理衙门照会英国使臣办理。现据该国使臣阿礼国照覆，以一切情形未据台湾领事详报，若确情果与所奏相同，必将该领事暨洋将责处；其索去之洋银，亦为办理退还。并称吉领事已解任两月，现咨请本国水师提督派员总管兵船，前赴台湾会同郇领事与地方官妥速办结：是该使臣亦属自知无理。惟以英民在台久受冤抑，地方官不早为申理，致酿巨案，其意直以办理失宜，归咎於地方官自占地步。设将来该领事所报与英桂等前奏不府，该使臣必将藉端抵赖；着英桂、卞宝第檩遵前旨，迅将此案始末情形确切查明，咨报该衙行核办。至洋人在台有无冤抑之处？一并据实陈明。均不得回护粉饰，俾该使藉口狡展，庶办理方有把握。原摺着钞给阅看。将此由五百里各谕令知之。寻奏：遵查洋案一律办结，业将全案始末咨报总理各国事务衙门。至洋人久受冤抑，乃吉必勳诡饰之词，实无其事。下所司知之。