1969年，瑞典学院将诺贝尔文学奖授予贝克特，理由是“他那具有新奇形式的小说和戏剧作品使现代人从贫困境地中得到振奋”。
《墨菲》以寻找为主题。主人公墨菲流亡伦敦，为取悦女友而寻找工作，其他的人则寻找他。墨菲在疯人院里当上看守，算是找到了自己的生存方式，后来他却在那里自杀了。尸骨火化后，骨灰随即被混在“烟蒂、唾沫、呕吐物”中扫走了。传统小说的观念被全面背弃，乔伊斯和普鲁斯特的主观叙事方法则得到充分运用。在《瓦特》等其他小说里，流浪代替了寻找，等待又代替了流浪。人物的活动场所越来越小；由荒原、海滩到房间，床铺，门口的水桶，人物的身体越来越糟；流浪者，病人，残废，残骸、到只剩一个脑袋，一张嘴；小说的情节越来越不连贯。其中《马洛伊》被认为是20世纪的杰作之一。
但是真正给他带来声誉，并使他的观念楔子般打入当代人精神世界的是他的戏剧。1953年《等待戈多》在巴黎的巴比伦剧场首演时，赞赏者和反对者各执一词，竟当场交起手来。结果它在这个剧场连演了400场，又挪到另一个剧场继续演，在短短几年里这部剧被译成几十种语言，在欧美和亚洲各国广泛流传。甚至那些关在监狱里的囚犯也从这部剧的演出得到了艺术享受。
1957年11月圣弗朗西斯科（今旧金山）市剧团在圣昆丁监狱为1400名囚犯演出《等待戈多》后，当地报纸作了如下报道：
三个满身肌肉的家伙，二头肌鼓鼓的，体重共642磅，靠在过道的墙上，等着舞台上出现姑娘和逗人发笑的场面。当这些没有出现时，他们嘀嘀咕咕地火起来，决定灯一暗下来就逃跑。但这个计划未能实现。他们多看了几分钟，结果留下不走了，直到看完全剧。他们全都给震动了。
作品激起观众广泛的共鸣，是因为它揭示了人类生活的一种普遍境况。
剧情大致如下：
第一幕：
流浪汉弗拉基米尔和爱斯特拉贡在等待神秘的戈多。空旷的原野，路旁有一棵树。为了消磨时间，他们前言不搭后语地说些废话，做些类似于穿脱靴子之类的无聊动作。来了两个马戏演员式的人物：波卓和幸运儿——一个被拴着脖子的奴隶。他们表演了一番。随后来了一位信使，说戈多明天准来。
夜幕降临。
第二幕：
场景同前，人物同前，不同的是秃树上长出了几片叶子，人也都显老了。
波卓双目失明，幸运儿成了哑巴，流浪汉继续穿脱靴子，语无伦次地交谈。
使者来通知说：戈多今天不能来了，明天准来。两位流浪汉试图自杀，却未能如愿。他们的情形将继续下去。等待戈多，无休止地等待。
《等待戈多》在美国首演前，导演阿兰·施内德问贝克特，戈多何所指。
贝克特答道：“我要是知道，早就在戏里说了。”有人把戈多理解为上帝，因为戈多（Godot）一词即是上帝（God）一词的弱化形式，另外，此前西蒙娜·韦尔已有过一本名叫《等待上帝》的书。也有人揭示了其文学上的隐喻：
巴尔扎克的喜剧《梅卡戴》中有个人物叫戈杜，他在剧中被广泛谈论却从未出场。梅卡戴眼巴巴地盼戈杜前来，结果盼来一个假的戈杜。最后据说真的戈杜到了，梅卡杜急忙去见，见到没有，不得而知。
实际上，戈多含义的不确定性，更加强了它的普遍意义。人的一生总在等待着什么，等待的状态是一样的，等待的具体内容则因人而异。这种等待有无结果，有无价值，谁也无法作答。作者在这里讲的不是一个故事，而是探讨一种静态的情境，“什么也没有发生，谁也没有来，谁也没有去，这实在糟透了。”从希望弄清戈多的身份到久等不遇的再三失望，起伏回旋于其中的不确定感，似是而非的模糊性和时间的不可把捉的流动性，存在的神秘性，这即是该剧的主体。
但是在这一片貌似杂乱无章、莽莽苍苍的丛林里，所有的植株却都是作者精心栽培的。弗拉基米尔与埃斯特拉贡个性互补，波卓与幸运儿也是互补的一对，两个流浪汉不断地说着废话，但正是这些废话在特定的情境中成了寓意深厚而含情不露的诗。