秦王本就恼怒嫪毐设计害死成蛟，此刻又率军反叛，气愤异常！变命昌文君韩启从严审判嫪毐。韩启知道这是一个烫手的山芋，本想明哲保身，推脱不了解案情，恐难以胜任，不想却遭到了秦王严厉的训斥，见识了亲政的秦王的气魄，韩启不敢再推脱，只得硬着头皮接手审判的事。
此时嫪毐虽然是俎上之肉，但是吕不韦却无法高兴起来。
吕不韦的长子在叛乱中被乱军杀死，房屋全毁，吕府也一片狼藉；如今嫪毐又被活捉，对嫪毐的审判难免会引出自己，这也是他最不愿意看到的。
从心底来说吕不韦并不希望嫪毐武力反叛，他本来的计划是依靠秦王一点点削减嫪毐手中的实权，若嫪毐武力叛乱，无论输赢都是两败俱伤。本来是他吕不韦最希望嫪毐倒台，但现在秦王要审判嫪毐了，吕不韦却害怕起来，他和他的门客都选择了沉默，始终没有告发一件事情。
御史们却不会闲着，先是告发嫪毐目无法纪，擅自僭越礼仪，结党营私，后来又揭露嫪毐与赵太后私通的丑事，包括两个私生子也被找出来送到秦王面前。秦王大怒，当众赐死了嫪毐的两个私生子！赵太后虽然苦苦哀求，秦王仍然没有收回成命。
随着案情审判的深入，韩启得知嫪毐进宫本是吕不韦一手策划，吕不韦这么做当然不可能仅仅是为了讨赵太后欢心，这样讨好的风险太大，极有可能是赵太后指使吕不韦所为。想通这一点，韩启明白为什么吕不韦自始至终保持沉默了。
但是即使知道了真相，这仍然是一桩棘手的案子，要不要对吕不韦判刑，如何判，韩启都无法做主，他私下报告给秦王。
秦王问李斯，该如何审判吕不韦，李斯道：“从法的角度来讲，吕不韦是奉太后之命行事，虽所行之事有不当的地方，却也不能说他是错的，以此治罪恐难以服众。此外，如果此时加罪就更加彰显了太后的过失。”
“那依先生之言是赦免了？”
“不然，吕不韦身为相国，嫪毐发动兵变，他却不能提前查知，此罪一也；兵变发生后，他没有及时处置，直至惊扰王上才发兵平叛，此罪二也！”
“寡人本以为先生曾做过吕不韦的门客就会为他开脱，没想到先生竟如此以社稷为重！实在是大秦之福啊！”秦王对李斯越来越满意，亲政后正是用人之际，秦王想趁机提拔他。
“大王谬赞了，我一心都是为大王着想，罢黜吕不韦实乃为大王亲政扫平道路，吕不韦在朝十余年，朝堂官吏不委身于嫪毐，就委身于吕不韦，如今嫪毐势力已被铲除，吕不韦的势力也不应该继续存在下去了。”李斯心中明白，若要自己出人头地必须把吕不韦赶出朝廷，这是等了多少年才等来的机会，怎么能轻易放弃。
秦王同意李斯的建议，但是他也明白，自己刚刚亲政，根基不稳，吕不韦树大根深，立刻处置吕不韦可能引起动荡，因此只是在朝会上斥责了吕不韦不能明察秋毫，防患未然，导致嫪毐叛乱的发生。
然而仅仅是斥责，便有很多人为吕不韦奔走，到秦王宫中为其说情，道相国实是有功之人，不该被训斥。前来说情的人越多，秦王对吕不韦的戒心就越重，现在足以看出吕不韦的权势有多大。秦王暗暗心惊，但表面上仍然不动声色，冷冷的看着吕不韦和他门客的表演。
嫪毐的案情查清以后，秦王下令车裂嫪毐，灭其三族！参与叛乱的卫尉竭、内史肆、佐弋竭、中大夫令齐等二十人也全部被处死，他们的首级被悬挂在咸阳城门上；嫪毐的门客，根据罪责轻重分别判刑，削除爵位迁徙蜀地的有四千多家，这个月天寒地冻，被冻死的不计其数。
对于赵太后的处置一直拖了三个月。作为秦王的生母，又是辅政的太后，她的所作所为让秦王最是恼火，可以说嫪毐的反叛是赵太后纵容的结果。
秦王下令将赵太后逐出咸阳，迁居雍城，母子永世不再相见！赵太后痛哭流涕，苦苦哀求，道：“嫪毐反叛并不是我的本意，诛杀吕不韦也是我一时冲动的选择，当我得知他要骚扰王宫时，才意识到问题的严重性，我就迅速通知你了，请大王念在母子多年情深的份上网开一面！”
秦王到现在仍然无法忍受自己的母后与人私通生子的丑事，便道：“这都是对母后冲动的惩罚，您就用下半生在雍城好好反省吧！”
赵太后被驱逐出咸阳后，很多人都来为她求情，认为秦王的做法不合人伦。秦王一是恼怒赵太后联合嫪毐陷害成蛟，陷自己于不仁，二是愤恨赵太后与嫪毐私通生下孩子，陷自己于不义，因此对前来为太后说情的人全部处死！前后杀了二十七人！秦王发布命令，道：“有再敢为太后求情者，砍掉手脚，立即处死！”
一时间，没有人再敢进谏。
这时，在秦为客卿的茅焦求见。秦王心道，莫不又是来为太后求情的？便派使者警告他，“你可知道凡是进谏关于赦免太后的人都被杀了？”
茅焦道：“臣当然知道！而且我还知道大王已经下令，再有求情的人，一概砍掉手足，立即处死！”
秦王听到答复后，以为不是来为太后求情的，便接见了他。进到朝堂，茅焦自报家门：“臣茅焦，出身齐国，今天为太后之事前来劝说大王！”
秦王一惊，道：“你难道不怕死吗？”
茅焦答道：“我听说天上有二十八星宿，如今大王已经处死了二十七个，我来就是要凑够二十八之数，我不怕死!”
秦王大怒道:“这小子是故意来违背我命令的，来人！赶快准备一口大锅，我要煮了他。”
茅焦道：“我听说，长寿的人不忌讳谈论死亡，国君不忌讳研究国家灭亡。人的寿命不会因为忌讳死亡而长久，国家也不会因为忌讳亡国而保存。人的生死，国家的存亡，都是开明的君主最希望研究的，请大王听我讲完再杀我也不迟！”
此时秦王对这个胆大妄为的书生产生了一丝好奇之心，便问道：“好，你尽管把话说完，也好让你死的明白！”
茅焦道：“忠臣不讲阿谀奉承的话，明君不做违背世俗的事。如今，大王却有极其荒唐的作为，我如果不对大王讲明白，就是辜负了大王。
天下之所以尊敬秦国，不仅仅是因为秦国的力量强大，还因为大王是英明的君主，深得人心。现在，大王车裂假父，是为不仁；杀死两个弟弟，是为不友；将母亲软禁在外，是为不孝；杀害进献忠言的大臣，是夏桀、商纣的作为。如此的品德，如何让天下人信服呢？
天下人如果知道大王有这样的作为，肯定不会再心向秦国了。我实在是为秦国担忧，为大王担心啊……我的话说完了，大王请行刑吧！”
说完这番话，茅焦便解开衣服，走出大殿，伏在殿下等待受刑。
秦王政听了茅焦这番话之后，极为震动，茅焦说的是有道理，如今自己刚刚成为国君，就失去了天下人心，以后何谈统一大业？于是，他亲自走下大殿，扶起茅焦，道：“先生之言甚是，寡人愿意改过，听从先生教诲！”
茅焦进一步劝谏说:“以前来劝谏大王的，都是些忠臣，希望大王厚葬他们，别寒了天下忠臣的心。秦国正图一统天下，大王更不能有迁徙母后的恶名。”
秦王道：“以前的人，都是来指责我的。没有一个讲明事关天下统一的道理。先生的话让我茅塞顿开，哪里有不听的道理？”
于是，秦王采纳了茅焦的建议，厚葬被杀死的人，又亲自率领车队，前往雍地把太后接回咸阳，母子关系得以恢复。
没过多久，秦王便将茅焦引入朝堂，拜为上卿。