阿尔伯特与阿奎那共同促成了一场思想革命，特别是宗教思想的革命。从柏拉图经过新柏拉图主义到奥古斯丁，人们一向认为人是思想着的灵魂与活着的肉体的混合物，其中两者各自形成一个完整的实体。上帝在每个灵魂里植上一些天赋的观念，其中便有神的观念。这种体系很容易同个人灵魂不死，人们可以直接认识上帝等基督教教义调和起来。
但是，亚里斯多德对于人和认识的问题，提出一种完全不同的理论。肉体或灵魂单独都不能是一个完整的实体，人只能看做是两者的复合体。观念也不是天赋的，而是按照几个不证自明的原则（如因果原则），根据感官材料建立起来的。对于上帝的认识，不是天赋的，必须通过理性的与辛苦的推理方能达到。亚里斯多德的体系，虽然在解释宗教问题的时候有种种困难，可是对于外部世界却作出了比较好的解释，因此阿尔伯特与阿奎那接受了它，托马斯更是勇敢地和巧妙地起来把它与基督教教义加以调和。
不过，亚里斯多德的哲学，虽然同柏拉图的哲学比起来要合乎科学一些，可是与文艺复兴时代的新知识仍然是抵触的，因此当他的着作被人接受、成为权威的时候，它们就在许多年代中阻挡了科学思想从神学桎梏下解放出来，因为学院的世俗学术和罗马教会双方所以都对现代科学的初期发展抱着突出的仇现态度，主要是由于圣托马斯的亚里斯多德主义的缘故。
托马斯·阿奎那
托马斯是阿奎农（Aquinum）伯爵的儿子，1225年左右生于意大利南部。十八岁时他加入多明我会为修士。他在科隆从阿尔伯特求学，在巴黎和罗马教过书，辛劳一生，死于1274年，只活了四十九岁。
他的两大着作：《神学大全》（SummaTheologiae）与《箴俗哲学大全》（SummaPhilsophicacontra
Gentiles）是为了向无知者阐明基督教知识而写的。他认为知识有两个来源：一是基督教信仰的神秘，由圣经、神父及教会的传说传递下来，一是人类理性所推出的真理——这不是个人的难免有误的理性，而是自然真理的泉源，柏拉图与亚里斯多德就是它的主要的解说者。决不能把这两个源头对立起来，因为它们都从一个源头——神——那里出来。因此哲学与神学必然是可以相容的，一部《神学大全》应该包括一切知识；就连神的存在也可以用推理来加以证明。但是在这里，托马斯·阿奎那就和他的前人分手了。伊里吉纳和安瑟伦在比较神秘的新柏拉图主义的影响下，要想证明三位一体及化身等最高的神秘。但托马斯在亚里斯多德与其阿拉伯注释家的影响下，认为这些神秘不能用理性去证明，虽然它们可用理性去检察和领悟。因而这些教义从此脱离哲学的神学的领域，而转入信仰范围之内去了。
在他的一切工作中，阿奎那的兴趣都属于理智方面。任何由神创造而具有理性的人，其完全的幸福都在于运用其智慧来默念神。信仰与启示乃是对真理的命题与表述的信念。如果我们以为经院哲学及后来由它产生的正统的罗马神学反对或轻视人的理性，那就完全错了。那是早期的态度，例如安瑟伦就害怕当代唯名论者使用他们的理性。但后期的经院派并不贬低理性。相反地，他们认为人的理性原是为了解和检验神与自然而形成的。他们自称要对整个存在的体系给予理性的说明，只不过在我们看来他们的前提有问题罢了。
阿奎那的体系是按照亚里斯多德的逻辑学与科学建立起来的。他的逻辑学，通过它的纲要早已为人熟习。在人们对知识尝试进行理性的综合的时候，他的逻辑学的影响就更深远了。在三段论法基础上，逻辑学可以根据公认的前提，提供严格的证明。这方法自然使人们觉得知识的来源，一方面是直觉的公理，另一方面是权威，即天主教会的权威。这个方法很不适于引导人们或指导人们用实验方法去研究自然。
阿奎那还从亚里斯多德和当时的基督教义那里接受了一种假设，说人是万物的中心与目的，世界可以按照人的感觉和人的心理来描绘。这一切都是亚里斯多德的物理学使然，因为物理学是他的科学中最弱的一门学科。德谟克利特早在现代物理学的见解形成之前就惊人地预言说：“按照通常说法，有甜有苦，有热有冷。按照通常说法，有色彩。其实，只有原子与虚空。”这一理论是与现代客观物理学相符合的。它要透过浅薄的感觉，发现与人无关的自然界的法则。但是，我们知道，亚里斯多德却摒弃了这一切，拒绝了原子的概念。在他看来，物体并不象德谟克利特所说的那样，是许多原子的集合体，或者象我们所了解的那样，是有质量、惯性及其他物理的、化学的或生理的特性的东西。物体是一个主体或实体，具有归入某些范畴的特性。首先它是本质，“这不是指一个主体具有的，而是指一切其他东西都具有的东西”；例如人、面包、石头；不过，亚里斯多德在这里所说的并不是一种具体的东西，而是一种本质性质。其次它有重、热、白等特性；还有不那末重要的是，它存在在什么地方和什么时候。这些都属偶有性，比起本质来，没有那样根本的意义，不过在一定的瞬刻内，却都是主体的一个组成部分。
在十九世纪看来，这一切都好象是无益的，差不多是无意义的，虽然我们可以把这一切说法改造成为一种比较具有现代气味的形态。但十九世纪或二十世纪的观点在中世纪的人看来也是同样地奇怪，而他们的心理态度，是产生了重大历史后果的。如果重是一种和轻相反的自然特性的话，我们就很容易了解亚里斯多德怎样达到天然位置的学说，按照这个学说，重的下沉，轻的上浮，所以物体愈重，下坠愈速。在这一点上，经院派同史特芬和伽利略发生了争执。不但如此，由于亚里斯多德把物体的根本性的本质与现象、偶有性或种区别开来，在中世纪的人看来，化体理论——1215年以来的一个信条——也就显得很自然了。即令在神秘的新柏拉图主义已经被理性的亚里斯多德派的托马斯主义代替了的时候，中世纪的人仍然这样想。
阿奎那接受了托勒密的天文学。值得注意的是他把它仅当做一个工作假设——“这不是证明，而是假设”。但是，圣托马斯的警惕却被人忽略了，而地球中心说竟成了托马斯派哲学的一部分。人既然是创造万物的目的，地球使该是宇宙的中心，围绕它旋转的有充满气、以太与火（“世界的火焰墙”）的同心圈，这些圈载着太阳、恒星与行星运行。中世纪的末日审判画说明这种见解怎样自然而然地引导人们想象出这样一个景象：天堂在苍穹的上面，地狱在土地的下面。人们是在基督教教义与亚里斯多德哲学所提供的前提之内，细致而巧妙地制订出这个体系的，只要我们接受这些前提，这个体系就是一个没有矛盾、令人信服的整体。