亚里斯多德的世界永恒说，因为同上帝在时间中创造世界的教义不调和而遭到阿奎那的挨斥，但在其他方面，阿奎那对于亚里斯多德的科学，就连细节也设法使之与当时的神学相符合。亚里斯多德认为凡是运动都需要不断地施加力量。从这一见解中阿奎那推出了一些与当时神学相符合的结论，例如说“天体被有智慧的本质所推动。”这些推论既然被视为业经证明，前提也就更加可靠了，于是全部自然知识就和神学结合成为一个坚固的大厦；在这个大厦中，各部分是互相依赖的，所以对于亚里斯多德的哲学或科学的攻击，便是对于基督教义的攻击。
在托马斯派的哲学中，肉体和心灵同为实在，但它们中间并没有笛卡尔首先加以表述，在后来的年代为人们所十分熟悉的那种鲜明的对立。阿奎那根本没有想到去研究现代形而上学所遇到的一些困难，如这两个表面上无法比较的实体之间的关系，或与此有关的问题：人的心灵为什么有可能认识自然。那时还不需要这种分析；四个世纪以后，才产生这种需要，因为当时伽利略已经从动力学的观点证明亚里斯多德的物质及其特性的概念，必须由运动中的物质的观念来代替，偶有性如色、声、味等，并不是物质固有的特性，而仅仅是接受者心中的感觉。十三世纪时这些还是不可理解的观念，其中所包含的困难当然也是毫无意义的。
经院哲学在托马斯·阿奎那手里达到了最高的水平。这种哲学深入人心牢固而持久。文艺复兴之后残存的经院哲学家是反对新的实验科学的，但是，他们的学说的彻底唯理论却造成了产生近代科学的学术气氛。就某种意义而言，科学是对这种唯理论的反抗；科学诉诸无情的事实，不管这些事实是否与预定的理性体系相合。但是，这种唯理论却有一个必要的假设作基础，那就是，自然是有规律的、整一的。怀德海博士指出：不可抵抗的命运的观念——希腊悲剧的中心题材——经过斯多噶哲学，传给了罗马法。罗马法就建立在那种哲学的道德原则基础上。虽然在罗马灭亡后出现了无政府状态，法律秩序的观念还是始终存在着，罗马教会也保持了帝国统治的大一统主义传统。经院派的哲学唯理论，从一个普遍而有秩序的思想体系中产生出来，又适合于这个体系，且为科学预备了这个信念：“每一细节事件，都可以和以前的事件有着极其确定的互相关联，成为普遍原则的例证。如果没有这个信念，科学家的难以置信的勤劳将没有什么希望。”“在经院哲学被抛弃以后，一个无价的习惯仍然存在着，那就是寻觅一个确切的点，寻得以后便固执不舍。伽利略得力于亚里斯多德的地方比表面上看起来要多……他的清晰的头脑和分析能力都是从亚里斯多德那里得来的。”“今天存在的科学想象力的开山宗师是古代雅典的大悲剧家埃斯库罗斯、索福克勒斯（Sophocles）与欧里庇得斯（Euripides）。在他们想象中无情冷酷的命运，把一个悲剧事件逼迫到不可避免的结局。这种想象力就是科学所具有的想象力。”
罗吉尔·培根
十三世纪既出现了经院哲学大师托马斯·阿奎那的成功的、受人称赞的工作，也出现了罗吉尔，培根（Roger
Bacon）的悲惨的一生。根据留传下来的记录，在中世纪的欧洲，罗吉尔·培根是在精神上接近他以前的伟大的阿拉伯人或他以后的文艺复兴时代的科学家的唯一人物。他一生的悲剧，一半是内心的悲剧，一半外在的悲剧；一半是由于当时学术环境中他的思想方法的必然局限性所致，一半是由于教会权威对他的迫害所致。
罗吉尔·培根在1210年左右生于英国伊尔彻斯特（Ilchester）附近的索默塞特（Somerset）沼泽地区。他好象出生于有地位和有钱财的家庭。他在牛津学习，受过两个安格鲁人（Anglians）的影响，一是数学家亚当·马什（Adam
Marsh），一是牛津大学校长、后来任林肯郡主教的罗伯特·格罗塞特（Robert
Grosseteste）。培根说，“只有一个人知道科学，那就是林肯郡的主教”；他又说，“在我们的时代，前任林肯郡主教罗伯特爵士和修士亚当·马尔什，可以说是无所不知”。
在英国或在西欧，格罗塞特看来是从东方邀请希腊人来教希腊古文的第一人，那时这种文字在君士坦丁堡仍然为人阅读。培根也同样认识到研究亚里斯多德原着与《新约》的语言的重要性，因而编辑了一部希腊语法。他经常不断地说：当代博士们不懂原文是他们在神学与哲学上失败的原因。他指出神父们怎样改动他们的译文，以符合于当时的偏见，又怎样因为粗疏无知和篡改原作，——尤其是多明我会修士——以致使原着变质。这是现代的翻译批评的先声。值得指出的是，培根本人是方济各会的修士。
但培根高出于同时代的哲学家，事实上还高出于整个中世纪欧洲哲学家的地方在于，他清晰了解只有实验方法才能给科学以确实性。这是心理态度的一次革命性的改变，只有在详细研究了当代的其他着作之后才能领会这种革命性改变的意义。培根博览群书，无书不读，包括阿拉伯书籍（或许是拉丁译本）和希腊书籍，但他并不是从圣经、神父、阿拉伯人或亚里斯多德那里把自然知识的事实与推论拿过来就算完事，而是谆谆地告戒世人：证明前人说法的唯一方法只有观察与实验。在这里，他的理论又成为另一位更有名的培根的理论的先声。这人便是三百五十年以后英国的国务大臣弗兰西斯·培根（Francis
Bacon）。他好象利用了他的前辈罗吉尔的某些见解。他对于人之常情的错误的原因的分析尤为明显。罗吉尔认为错误的原因有四，即对权威的过度崇拜、习惯、偏见与对知识的自负：这个分析与弗兰西斯的四偶像十分相似，因而决不可能是巧合。
虽然他在着作中竭力主张观察和实验，罗吉尔本人除了在光学方面外，好象没有做过很多实验；他在光学实验上费了很多钱，但是他所取得的结果似乎是很少的。他在巴黎住了几年，得了博士学位之后仍回到牛津。但他的工作渐渐引起别人的怀疑，不久他就被送回巴黎，显然是为了让他的修会对他严加看管，并且禁止他写作或传布他的理论。但就在这时候，他平生的机会到来了。
一位开明的法律家、战士和政治家，名叫吉·德·富克（Guy
deFoulques）的，对于培根在巴黎的工作发生了兴趣。他后来被举为教皇，改名克力门四世（Clement
Ⅳ）。培根写信给他，克力门不顾教长的禁令与教团的章程，立即答应了他的正式请求，命令这个小僧侣把他的研究成果写出来。不知什么缘故，教皇还命令他保守秘密。这就增加了罗吉尔的困难。他既是托钵僧，自然没有钱，但是他向朋友借贷，凑足了购买写作材料的费用，经过十五或十八个月，他就在1267年送了三部书给克力门：一部叫《大着作》（Opus
Ma－jus），详述他全部见解，一部叫《小着作》（OpusMinor）是一种概要，一部叫《第三着作》（Opus
Tertium），是因为怕前两部遗失而补送的。我们了解培根的工作主要是靠了这几部着作，虽然还有一些着作，但始终是手稿。