钱塘助堤
宋理宗嘉熙元年（一二三七），浙省钱塘潮翻，江堤横溃，大为都省患。波涌浩荡，版筑难施。都人号祝於神妃。忽望水波汹涌，时涛头上艮山祠，若有所限拒而水势倒流不前者，因之水不冲溢，堤障得成，永无泛圯之患。众咸称神力扞御。有司特奏於朝，奉旨神功赫濯，大有裨於朝家，议加封号，以答灵感。
拯兴泉饥
宝佑改元（一二五三），莆与泉大旱，谷值腾涌，饥困弗支，老幼朝夕向祠前拜祷。梦神夜告曰：若无忧，米艘即至矣。初，广地贾客挺装米上浙越，偶一夜神示梦曰：兴泉若饥，米贵，速往可得利。客寤而喜谓神示必获利滋倍，遂载入兴、入泉。南艘辐辏，民藉以不饥，米价反平。郡人颇矜天幸，商人怏怏，言神梦不验。询其得梦之由，方悟神为二郡拯饥。又思前夕米艘即至之梦，果属不虚。咸叹再造神功，焚香拜谢。天子闻之，诏褒封助顺、嘉应、英烈、协正妃。三年（一二五五），又以显灵加封灵惠、助顺、嘉应、慈济妃。四年丙辰（一二五六），以浙江堤岸告成，加封灵惠、协正、嘉应、善庆妃。
火烧陈长五
开庆改元，岁在己未（一二五九），陈长五兄弟纵横海上，去来於兴、泉、漳之间，杀掠逞凶，家无安堵，三那困。请命於神。郡守徐公梦神示之曰：当殄此贼，以靖地方。徐公素敬信神妃，即率寨官石玉等励兵备之。朝廷督王宪使熔克期剿贼。越八月，贼三舟入湄岛，将屠掠蓼禧，祷於神，弗允，解衣偃卧廊庑下，悖慢不敬。俄有火焚其身，肉绽皮烂，痛楚哀呼。贼大惧，退遁舟中。神起顺风，诱之出港，忽天日晦冥，大雨骤至。及开霁，贼三舟已在沙埔上胶浅不动，宪使王熔曰：此神授也，逆贼当歼灭矣！挥兵急击，贼奔溃，先擒长五。郭敬叔等帅兵追至莆禧，擒长六。长七乘潮退遁，後追至福清，并俘之，磔於市，胁从者罔治。徐公具陈神妃庇助之功，宪使奏上天子，勒议典礼，进封显济妃，两司捐万楮助修宫殿，以报神贶。
怒涛济溺
天历元年（一三二八）夏，备海道万户府分司运粮，至大海，遭飓风骤起，巨浪连天，七日夜不息，人困力疲，运艘几於翻覆。舟人哀号，仰祷神妃求佑。会日暮，有形从空而下，掩映舟中，辉耀如画，宛见神灵陟降。少顷，怒涛顿平。船上觉异香缤郁。自此水道无虞，径抵直沽都省。奏闻，奉旨差翰林国史院学士普颜实理钦賫御香，驰驿致祭。二年（一三二九），漕运复藉神妃默庇无失，加封护国、辅圣、庇民、显佑、广济、灵感、助顺、福惠、徽烈、明着天妃，遣官黄份等驰传具礼，专诣湄洲特祭，并致祭淮、浙、闽海等处各神庙，共祭一十八所。
神助漕运
至顺元年庚午（一三三○）春，粮船七百八十只，自太平江路太仓刘家港开洋，遇大风突起，波撼星辰，桅樯飘荡，数千人战栗哀号。官吏恳祷於神妃，言未已，倏阴云掩霭，恍见空中有朱衣拥翠盖，伫立舟前，旋有火照竿头，晶光如虹。舟人且惊且喜。无何，风平浪息，七百余艘飘流四散，正集合整理篷浆解缆而进，又闻空中有语云：可向东南孤岛暂泊，众郎撑舟依孤岛旁。方抛碇，江上狂飙迅发，暴雨倒峡。舟人相慰曰：非神灵指示，我等皆在鼍宫蛟窟矣！次日晴霁，遂达直沽交卸。中书奏神护相之功，奉旨赐额曰灵慈。
拥浪济舟
洪武七年甲寅（一三七四），泉州卫指挥周坐领战船哨捕，忽遇飓风大作，冲泊阁礁。舟人环泣稽首，呼神妃求庇。黑夜间倏见神火悬空毕照，桅樯皆现。周喜曰：吾闻海上危急时，得神火照耀，虽危亦安。神其佑我乎！俄而巨浪跃起，将船荡浮，从隙真逾矶北，顺流驶至岸边。时天欲曙，差认港迹，始得无恙。归至泉，立庙奉祀。仍运木赴湄屿，修整宫殿。其杉木未载者，浮水面自飘流到湄，木头各有天妃二字，众皆奇之。自是重建寝殿及香亭、鼓楼、山门，复塑圣像，制旗鼓，沿途鼓欲，送至祖庙。
时又有张指挥领兵出海，默祝神妃保佑，果得显应，由泉装载大料来湄洲，构一阁於正殿之左，名曰朝天阁。
药救吕德
洪武十八年（一三八五），兴化卫官吕德出海守镇，得病甚危笃，求祷於神。梦寐间见一神女俨然降临，命侍鬼持丸药，辉莹若晶珀，示之曰：服此当去二竖。正接而吞之，遽寤，香气犹蔼蔼未散。口渴甚，取汤饮，呕出二块物，顿觉神气爽豁，宿痾皆除，遂平复如初。是夕梦神云：畴昔之夜，持药而救尔者，乃慈悲观音菩萨示现也，当敬奉大士。吕德感神灵赫奕，遂捐金创建观音堂於湄屿。
广州救太监郑和
永乐元年（一四○三），钦差太监郑和等往暹逻国。至广州大星洋遭风，舟将覆。舟工请祷於天妃。和祝曰：和奉命出使外邦，忽遭风涛危险，身固不足惜，恐无以报天子，且数百人之命悬呼吸，望神妃救之！俄闻喧然鼓吹声，一阵香风飒飒飘来，宛见神妃立於桅端。自此风恬浪静，往返无虞。归朝复命，奏上，奉旨遣官整理祖庙。和自备宝钞五百贯，亲到湄屿致祭。
旧港戮寇
永乐三年（一四○五），钦差太监等官往西洋，舟至旧港，遇萑苻截劫，顺流连舰而至，势甚危急。众望空罗拜，恳祷天妃。忽见空中旌旗旆旆云巅，影耀沧溟，突而江流激浪，帜转帆翻，贼艘逆潮不前。官兵忽荡进上流，乘潮挥戈逐之，一击而魁首就俘，再击而余孽远溃。自此往返平静。回京奏神功广大，奉旨着福建守镇官整盖庙宇以答神庥。
梦示陈指挥全胜
永乐七年（一四○九），钦差太监统领指挥陈庆等往西洋，贼觇知，垂涎宝货，率数十艘於中流截劫。正值上风，奔流如飞，我舟被困，众俱股栗。陈庆曰：奉君命到此，数百人在茫茫大海中，须决雌雄，尚可生还。骑虎之势，安可中下？兵法谓置之死地而後生，正在今日！众曰：不若拜祷天妃。庆从之。是宵，陈庆梦神语曰：今夜风急，可乘昏雾，溯流而上，翌日佐尔一帆风，歼此丑类！庆以告内使，棹向前。比晓，已居上流。贼逆风不得进。我舟离贼已远。众欲远遁。庆复曰：长江万里，西国迢遥，回首不见家山。彼狡尔鲸鲲，岂能忘情於我？若飘泊偷安，恐贼党出没烟波，终入其网。今风信顺便，殆神授也，急击勿失！遂励兵奔冲而下。远望神俨现空中，闪烁如虹如电。贼骇愕。风急舟骋，贼篷被官桅倒插破裂。陈庆挥刃越舟，贼首投水，钩而俘之，余悉就擒，获货物军器无算。内使及陈指挥率众叩谢神妃曰：反败为功，转祸为福，再造之德，山高水深。复命奏上，奉旨褒嘉，委官重置庙中器皿，亲賫诣庙致祭。
助战破蛮
永乐十八年（一四二○）正月，倭寇哨兵渡海，钦差都指挥张翥统领浙江定海卫水军防御，距海相持。日本惯习水战，分舟师据海口。我师樵汲道绝，兵士困甚，同叩祷天妃，拜请水仙。忽波心撼激，贼舟荡漾浪中，撑东涌西，我舟与贼船首尾相击。半晷间，贼篷繂绳断，我舟中一兵披发跳跃大呼曰：速越舟破贼！翥发令曰：此神所命，先登者重赏！遂奋勇冲杀，擒获甚多，其投水死者不计其数；全收破蛮之功。事闻於上，奉旨遣御史刘麟、内官孔用、唐贞诣庙致祭，送长生鹿二对。
东海护内使张源
永乐十九年（一四二一），钦差内使张源往榜葛剌国。於镇东海洋中，官舟遭大风，掀翻欲溺。舟中喧泣。源急叩天妃求佑。言未毕，忽见狂风旋舞，中有赤旆飞扬。众疑其不祥。须臾，风息浪平，舟人踊跃欢忭，皆曰：顷赤旆飞扬，实神灵返飓之力。及自外国还，特制袍幡诣庙拜谢。
本年，太监王贵通等又奉命往西洋，祷祝显应。奏上，遣内官修整祖庙，备礼致祭。
琉球救太监柴山
洪熙元年（一四二五）四月，钦差内官柴山往琉球，载神香火以行。至外洋，一夕，云雾晦冥，山方假寐，梦神抚其几曰：若辈有水厄，当慎之！吾将为汝解。及寤，不敢明言，只严戒舵工加谨。正扬帆而进，突阴霾蔽天，涛翻浪滚，咫尺不相辨，孤舟飘泊於洪波之中，桅樯颠倒，舟中坠水者数人。舵工急取大板乱掷水中，数人攀木而浮，随波上下，呼天求救，哀声震天。迨薄暮，见灯光自天而来，风倏静，浪倏平，舵工函拨棹力救，堕水者争攀附登舟，感庆再生之赐。回京奏上，奉旨遣官致祭，拜答神功。
庇太监杨洪使诸番八国
宣德五年庚戌（一四三○）十二月，钦差太监杨洪统领指挥千百户及随从人等，驾船大小三十只，装载彩币，赏赐阿丹、暹罗、爪哇、满剌加、苏门答刺、木骨都束、卜剌哇、竹步八国，虔恭奉祀神妃，朝夕拜祷保佑。一日，舟至中流，天日清雾，远望大屿横峙海中，上多怪石，错生海物。众曰：舟中沉郁已久，盍登岸少舒。各夺磴而上。又见旁有小矶，一女子携筐采螺蜃，竞赴矶迫视之。洪恐其肆慢，趋前呵止。女子忽不见。回首大屿已没，方知前所登屿，即巨鳌浮现，其美女乃天妃现身救此数十人也。各叩首谢。归奏上，奉旨賫香致祭。
托梦除奸
嘉靖中，奸臣严嵩当权，残害忠义。御史林公讳润，拟附本纠之。夜间草藁未毕，乃曰：似此必无两静，但含默非吾初志。假寐几上，梦神妃语之曰：权奸蠹国，公报主忠诚，必俞所奏，当不负厥梗直。寤而叹曰：奸臣播虐忠良，神人共愤，天妃乃有除奸之灵！若此本得旨，当庙祀血食春秋。果章奏而帝俞允，遂建庙於涵江东卓地面，以答英光。
妆楼谢过
天启乙丑、戊辰（一六二五、一六二六）间，萑苻草寇李魁奇出没南溟，结夥入吉了抄掠，复迤〈辶里〉到贤良港。港人拥神像江头，示以神灵梓乡，冀免扰害。神乃显梦於酋长曰：而焚掠了城，为祸酷烈，今尚欲困吾父母之邦，若不速退，将歼尔类！仍啸聚弗去。俄而狂飙跃浪，荡散其舟，大舡沉溺，余者沦落波中。自是悔罪乞宥，风且不静。愿起盖梳妆楼一座，并塑圣像以谢过，乃得风靖。遂移舟出港，备牲醴、香花到湄，买置木料，装运前来建造，俯伏叩拜。
清朝助顺加封
康熙庚申年（一六八○）二月十九日，舟师征剿，驻崇武，与敌对垒。夜梦天妃告之曰：吾佐一航北汛，上风取捷，随使其远遁。次日，果得北风骤起，敌遂披靡，大败而退。至二十六日舍厦门入台湾。内地海宇，自是清宁。万将军大感神助，立即具本奏神保佑之力。圣上甚慰阴功，钦赐御香、御帛，差官賫诏到湄庙加封致祭。
起盖钟鼓楼及山门
大总督姚奉命征剿，以海道艰虞，风波险阻，不易报效，中心恳挚，极力图维，素信神灵赫濯，祷应如响，恳祈阴光默佑，协顺破逆。於康熙二十一年（一六八二）差官到湄洲祖庙，就神前致祝许愿，俾不负征剿上命，即重修宫殿，答谢鸿庥。乃於二十二年（一六八三）三月二十三日天妃悦旦，特委兴化府正堂苏到湄庙设醮致祭，随带各匠估置木料，择吉起盖钟鼓二楼及山门一座；宫宇由是壮观。
大辟宫殿
大总督姚时议征剿，虽不辞责重任大之艰，而逾堑越沧，不无风波飘荡之虑。一片忠诚孚格，惟恃神灵默相。以故天威一震，寰服人心，於康熙二十二年七月初旬，台湾果倾心向化，举岛输诚。总督捧颁恩敕前至台湾，因少西北正风，又恐逗留诏命，自福省放舟，於八月二十三日亲到湄洲，诣庙具疏神前，虔祝顺风，愿大辟殿宇，以报神功。於是神前拈；。准将东边朝天阁改为正殿。舟尚未开，二十五夜见船上放光，深感神明有赫，即捐金付兴防厅张同、同知林昇估价置买木料，乃边朝天阁另为起盖。遂择吉建造正殿，已经安基竖梁，缘兴防厅张丁艰谢事。