之后天机子按邱霞所示，对邱泷坦白，告诉邱泷上官群要天机子暗下毒手，加害邱泷。天机子又求邱泷修书一封，寄给上官群，说天机子的阴谋已被邱泷识破，并与邱泷动起手来。又要邱泷在信上骗说，天机子在打斗途中，不慎坠入深谷之中。这如意算盘打得倒妙，若说天机子已被邱泷杀害，上官群定会要求确认尸体。若说坠入山谷，那便从此毁尸灭迹，无从查证了！
此后，天机子便拜邱泷为师，开始勤修医术。他与邱霞也已私定终生。但那“八卦天井阵”的破解方法，却日夜不断地在脑海中反覆背诵。日复一日，天机子在邱泷门下修习，一晃眼便是十年。天机子医术日益进步，随着邱泷行走江湖，救活了许多无辜性命。
十年来，上官群处心积虑，要除去邱泷这个心头大患，却迟迟未偿所愿。有一年，某村温疫盛行，邱氏父女与天机子共同前往，救治村民。无巧不成书，偏生便在此时，上官群也正经过此村。天机子与十年未见的师父撞个正着，上官群这才明白自己被爱徒骗了整整十年。
邱泷、邱霞、天机子、上官群四人大打出手。邱泷不幸命丧上官群之手，天机子和邱霞也被上官群所擒。
上官群将天机子与邱霞打入“八卦天井牢”中。天机子并不担心，因为破解“八卦天井阵”的法子，他暸如指掌。可不料邱霞却在此时怀了身孕，破阵出牢之事也只能暂且耽搁了。
十月期满，菱儿出世了，可惜邱霞却因精力焦悴，失血过多死了。天机子悲痛欲绝，守在亡妻尸身旁边七天七夜，才找了一小块地，将她葬了。邱霞临死前曾她屏住最后一息，要天机子答应她，终有一日要带菱儿逃出生天。天机子口头上答应，但丧妻之痛令他痛心疾首，心灰意冷。失去爱妻，生命了无生趣，出去了又待如何？不知何日又要再被师父找到，再抓回来？天机子累了，他已经失去了斗志，下定决心，下半辈子便要带着菱儿，在这牢中了结余生。
上官群每隔一月，便会派人从天井上空掷下一口大箱子，里面装的全是牢中罪犯一个月的粮食，箱中有米，有面饼，有干粮。牢中设有一口井和几间茅厕，也有炉灶可以升火。日子就这么勉强过着。这里的囚犯有吃有住，冬暖夏凉，可谓丰衣足食。然而虽然抬头可见青天，要出去却没有想象中的轻松。
这“八卦天井阵”运用精密的奇门遁甲逻辑搭建而成。天井的八面石壁，青石砖有凹有凸，一旦接触便会触碰机关，位置形状任意变幻，神鬼莫测。一旦手脚附着于上，青石砖或左或右，忽上忽下，时浮时沈；动态频繁，不可捉摸。但其动态并非随意乱变，而是有其先后次序，并依循固定的规律而变的。
牢中囚犯毫无头绪，盲目摸索，自然屡试不成，反受其害。天机子有心隐瞒破阵之法，是以百余名囚犯们从头到尾都不知道，能破“八卦天井阵”之人，一直都在自己身边。
年复一年，多少人在他眼前挑战破阵；但轻则筋断骨折，重则命丧黄泉，无人幸免。天机子试着忘却丧妻之痛，把心力转于救治伤员。牢中或有因攀天井而摔伤，或有急病缠身，天机子便即施以援手。他既深得神医邱泷真传，处里起来自然得心应手；药到病除，伤员无不满怀感激，视天机子为活神仙。
匆匆数年，菱儿已满六岁。天机子始终无法忘却丧妻之痛；他烦恼越多，头上便多生了好些白髪。菱儿终日望着囚犯们在面前死去，过一阵子又有新的囚犯进来，再过一阵这些人又将死去，周而复始。这“八卦天井牢”的地底，不知已埋葬过多少尸首。菱儿可说终日伴随尸首成长，无怪她日后出入江湖，面对尸体毫无惧色，那正是因为早已司空见惯，见怪不怪了。
看着菱儿逐渐成长，天机子便想起了邱霞的话来。毕竟是自己的亲骨肉，让她小小年纪就将青春年华断送在此，于心何忍？当下便想将破解“八卦天井阵”的方法传授给她。但随即想起这破解之法是自己背着师父偷学而来，自己已经因为背弃师门下岳；若将来有一天菱儿也将破解之法传给他人，要是师父知道了，那岂不害了菱儿？
茅盾之下，天机子的心情可谓天人交战。最后终于下定了决心：在传女儿破解法之前，须将女儿药哑；菱儿自出生开始，一字不识，自然也不会有机会将破解法写给他人。既不能说，又不会写，自然永绝后患了。
菱儿七岁那年，天机子狠下心肠，调制哑药让女儿服下。菱儿未经世事，个性少喜少忧，逆来顺受；二话不说，整碗哑药一饮而尽，自此成为哑巴。
天机子从最基本的八卦原理教起：首先要她背熟八卦歌诀，又教她每一卦又有其所属方位。再者，八卦既能生能克；八卦有旺有衰。最重要的是，八卦也与五行相应。方位、生克、旺衰、五行交互相融，交互影响，可谓牵一髪而动全身。攀登“八卦天井阵”，可因踩对一块石砖而全局能破，亦能因为抓错一块石砖而断送性命。
懂得基本原理后，下一步天机子开始传授菱儿一套口诀。为求保密，他自然是关了房门，悄悄在菱儿耳边轻声传授的。天机子一句一句说，又一面解释每一句的意思。口诀的内容包含了整座天井从底至顶，正确的攀登方位及顺序。菱儿凝神倾听，用心体会。
每当见到囚犯攀登天井之时，菱儿便会站在旁边仰头观望。看了一遍又一遍，时间也一年一年地过。在菱儿十岁那年，菱儿终于将整套八卦天井阵的动态顺序，记得倒背如流。哪块石砖会突然浮起，哪块石砖又会突然下沈；哪些石砖会向何处行进，又有哪些石砖是永远不动的；菱儿已然暸如指掌。便是闭起眼睛，也能指其一二。
这天菱儿又见一人尝试破阵，机关隆隆作响。菱儿目不转睛地瞧着，口中说不出话，心中却开始喃喃自语：“嗯，他左足踏上了“离”位，“离”属“火”，“火”能克“木”，“巽”与“震”均属“木”，“火”既动则能“木”能沈也；他东北角“震”位及西南角“巽”位将各有青砖下沈，露出两孔。”果不其然，东北角“震”及西南角“巽”位即刻便各有石砖下沈。那人见了一喜，右手上伸，穿入了“震”位。右脚再上，踏入了“巽”位。
只见那人左手又上，去抓“干”位一块突起的石砖；菱儿见了，心中又想：“他这会儿可抓错位了。“火”既已克“木”，“木”沈则“土”能浮；“坤”与“艮”皆属“土”，他应当去抓“坤”或“艮”位。现已错失良机，他最多进得九步；九步之内，必定跌落。”果不其然，那人七手八脚，前后只进得七步，便踩了个空，一声惊叫，跌了下来。所幸爬得不高，坠下时双足落于地面，倒也没有大碍。
又过了两三月，天机子认为是时候了。他书写了三封信，要菱儿破阵出牢之后，分别转交给三个重要的人。第一封信，是给师姐聂如裳的。信中天机子将如何窃取天井阵的事，照实说了。信中又要聂如裳带菱儿上武夷山，拜入武夷咏春派门下。此举目的有二：一乃因“白林蛊毒派”素有门规，不杀咏春门人。菱儿既成为咏春弟子，日后若是落入师父上官群手中，上官群便不敢伤她性命了。
原因之二，正是因为天机子不愿女儿学习毒术害人，反要菱儿走上正道。那么投入名门正派便是最佳抉择了。